Stowarzyszenie Centrum Polsko - Niemieckie powstało w roku 1992 z inicjatywy grupy historyków, politologów i filologów z Uniwersytetu Jagiellońskiego, Polskiej Akademii Nauk oraz Akademii Pedagogicznej w Krakowie, jak również  nauczycieli i dziennikarzy, którzy dostrzegali potrzeb poprawy i intensyfikacji stosunków polsko - niemieckich.

Naszym zadaniem było i jest przedstawianie stosunków polsko - niemieckich, tak blasków, jak i cieni, i przez ich poznanie dążenie do obalenia istniejących po obu stronach uprzedzeń i stereotypów.

Od ponad 15 lat prowadzimy w Krakowie seminaria z dziedziny historii, politologii i kultury dla uczniów, studentów i innych zainteresowanych grup z Polski i z zagranicy, by w ten sposób mieć swój wkład w postępujący proces integracji europejskiej. Sporym sukcesem okazał się organizowany przez Stowarzyszenie w latach 1995 - 1998 konkurs dla szkół średnich Wiedzy o Niemczech.

W połowie lat dziewięćdziesiątych poszerzyliśmy obszar naszych zainteresować na relacje polsko-żydowskie, a efektem tych zainteresowań była wystawa "Żydzi w Polsce. Swoi czy obcy?". W Centrum Polsko - Niemieckim podejmowane są również inicjatywy naukowe, czego przykładem może być realizowany obecnie projekt mapy elektronicznej Rozwój osadnictwa w dorzeczu Wisły w XII - XX wieku.