Realizując swe cele Centrum Polsko - Niemieckie współpracuje z licznymi organizacjami partnerskimi i instytucjami w Polsce i za granicą. Są to między innymi:

• Polsko-Niemiecka Współpraca Młodzieży,

• Fundacja Współpracy Polsko Niemieckiej,

• Dom Anny Frank w Amsterdamie;

• Federalny Związek Towarzystw Niemiecko-Polskich w Berlinie;

• Fundacja im. Stefana Batorego,

• Internationales Bildungs- und Begegnungswerk e.V. w Dortmundzie;

• Ambasada Królestwa Niderlandów w Warszawie;

• Konsulat Generalny Republiki Federalnej Niemiec w Krakowie;

• Austriacki Konsulat Generalny w Krakowie,

• Goethe-Institut w Krakowie;

• Państwowe Muzeum Auschwitz-Birkenau w Oświęcimiu

• Międzynarodowy Dom Spotkań Młodzieży w Oświęcimiu/Auschwitz;

• Międzynarodowy Dom Spotkań Młodzieży w Krzyżowej/Kreisau;

• Ost- und Mitteleuropainstitut w Wiedniu;

• Spotkania - Stowarzysznie dla Edukacji i Kultury.