Um seine Ziele verwirklichen zu können, arbeitet das Polnisch-Deutsche Zentrum mit zahlreichen Partnerorganisationen und Institutionen in Polen sowie im Ausland zusammen; u.a. sind dies:

• Deutsch-Polnisches Jugendwerk,

• Stiftung für Deutsch-Polnische Zusammenarbeit,

• Anne Frank-Haus in Amsterdam,

• Deutsch-Polnische Gesellschaft Bundesverband e.V. in Berlin,

• Stefan Batory-Stiftung,

• Internationales Bildungs- und Begegnungswerk e.V. in Dortmund,

• Botschaft des Königreichs der Niederlande in Warschau,

• Generalkonsulat der Bundesrepublik Deutschland in Krakau,

• Österreichisches Generalkonsulat in Krakau,

• Goethe-Institut Krakau,

• Internationale Jugendbegegnungsstätte in Oświęcim/Auschwitz,

• Internationale Jugendbegegnungsstätte in Krzyżowa/Kreisau,

• Ost- und Mitteleuropainstitut in Wien.